Fontenay est souvent pris comme exemple pour illustrer le plan typique de l’Abbaye cistercienne. C’est sans doute du fait de l’état de conservation exceptionnel de l’Abbaye, mais aussi en raison de sa date précoce de construction et de son homogénéité architecturale. On peut aujourd’hui penser que Fontenay a été l’un des modèles ayant servi pour définir le plan cistercien ensuite repris par de nombreuses abbayes de l’ordre.
Toutes les Abbayes reprennent les mêmes principes : une église adossée au cloitre et les diverses salles des moines réparties autour de cet espace central. De plus, les bâtiments de travail sont séparés des bâtiments de prière et de vie.